1、提起鉴定的申请人不同
医疗事故的启动：根据我国《医疗事故处理条例》的规定，由卫生行政部门委托或医患双方当事人共同委托两种启动方式。前者属于行政鉴定，解决的是行政处理医疗纠纷中的专门性问题，即是否属于医疗事故的问题和赔偿调解问题。后者属于自行委托的鉴定，其作用在于给双方当事人一个“判定的标准”。即可提起鉴定的申请人为：卫生行政部门或者医患双方。
司法鉴定的启动：目前根据我国法律和相关司法解释的规定，司法鉴定的启动一般是由一方当事人申请或律师事务所等法律服务机构代为申请，委托社会上依法设立的司法鉴定机构进行鉴定。司法机关对案件中的专门性问题认为需要鉴定的，也可以指令或直接委托专门司法鉴定机构进行鉴定。
由此可以看出，二者能够提起鉴定的申请人是不同的。在诉讼之前，如果做过鉴定，就可以明确确定案由，可以选择其所适用的法律依据和赔偿的计算方法，从而节省诉讼期限和诉讼费用。
2、鉴定机构不同
医疗事故的鉴定机构：根据《医疗事故处理条例》的规定，设区的市级地方医学会和省、自治区、直辖市直接管辖的县(市)地方医学会负责组织首次医疗事故技术鉴定工作。省、自治区、直辖市地方医学会负责组织再次鉴定工作，即医疗事故的鉴定机构是医学会。司法鉴定的机构是司法行政机关登记注册并受其监督的公益性社会组织即司法鉴定所。由于司法鉴定所隶属于司法机关，受医疗机构影响较远，能够客观公正地实施鉴定，因此较受患者青睐。
3、鉴定的内容和结果不同
医疗事故鉴定的内容主要为是否属于医疗事故;如果构成医疗事故，医疗事故的级别以及院方的责任大小。而司法鉴定的内容主要是院方对患者的医疗行为是否存在司法过错，以及过错的大小和是否具有因果关系。
由于医疗纠纷案件涉及的专业性问题较强，而纠纷的双方当事人都认为自己是正确的，那么是否属于医疗事故，如不属于，是否具有司法过错等，都需要法官来分析。而法官又不十分清楚这一块，那么只有依靠这些鉴定机构。因此医疗纠纷案件的鉴定尤其重要，法院一般都会采纳。当事人在打医疗纠纷官司时，应当提前搞清楚哪种鉴定适合自己，对案件审理有利，及时提出申请，启动鉴定程序。
