在司法实践中，计算医疗损害赔偿纠纷案件的诉讼时效，主要考虑以下几个方面：
1、从保护受害人的利益出发，在确定诉讼时效的起算时间时，应当尽可能地不适用“应当知道”的标准进行推定，而更多地适用“知道”的标准进行认定。
2、起算时间要考虑专业因素。许多损害发生的原因，难以为普通患者所能了解，有些药品的毒副作用所造成的损害，要经过数年时间才能清楚，因此，应当考虑除专业人员以外，其他人不易了解损害发生的原因。在这种情况下，诉讼时效的起算就有其特殊性。
3、起算时间的确定要考虑伤害的明显程度。根据最高人民法院《民法通则意见》第168条的规定，人身损害赔偿的诉讼时效期间，伤害明显的，从受害之日起算；伤害当时未曾发现的，后经检查确诊并能证明是由侵害引起的，从伤势确诊之日起算。对最高人民法院的这一规定，可以从下几个方面进行具体的操作：
　　（1）、医疗损害行为侵害身体权的，行为一经实施，当事人就知道或者应当知道权利被侵害，诉讼时效期间可以开始起算。
　　（2）、医疗损害行为侵害生命权的，从受害人死亡之日起计算诉讼时效期间。
　  （3）、医疗损害行为侵害健康权的，伤害明显的，从伤害之日起计算诉讼时效期间；伤害在侵害之时不能发生的，经检查确诊伤害的，从确诊之日起算诉讼时效期间；伤害造成劳动能力丧失的，在确诊劳动能力丧失的程度时起算诉讼时效期间。
4、合理考虑时效中断的事由。在司法实践中，患者就自己的病情向加害方进行咨询、向有关部门写信要求解决、向医疗事故鉴定委员会申请鉴定等，均可以认定为诉讼时效的中断事由。另外，虽然患者知道了权利被侵害的事实，但是如果患者因受到侵害而住院治疗，提起诉讼或者主张有困难的，也可以有考虑诉讼时效的中止。
5、将诉讼时效完成的举证责任分配给加害一方当事人。加害人是医疗机构，具有专业知识，其对患者伤情发生、发展等情况在举证能力上强于患者，患者一般难以确切得知，所以为了保护受害人，应当将证明诉讼时效已经届满的举证责任分配给加害人。